2011 m. gruodžio 1 d. Lietuvos Respublikos aplinkos ministerijos Aplinkos projektų valdymo agentūra  (įgyvendinančioji institucija – http://www.apva.lt/ )  ir Kupiškio rajono savivaldybės administracija (projekto vykdytojas – www.kupiskis.lt ) pasirašė projekto „Uždumblėjusio Varležerio ežero Kupiškio rajone išvalymas, pakrančių sutvarkymas ir pritaikymas gyventojų reikmėms” (kodas – VP3-1.4-AM-04-R-51-011) finansavimo ir administravimo sutartį. 

Projektui įgyvendinti skiriama 698 064, 85 Lt finansinė  parama (90 proc. projekto tinkamų išlaidų) iš Europos regioninės plėtros fondo. Projekto vykdytojas – Kupiškio rajono savivaldybės administracija – projekto įgyvendinimui numatė skirti 150 000 Lt. Projektas įgyvendina Sanglaudos skatinimo veiksmų programos 3 prioriteto „Aplinka ir darnus vystymasis”  VP3-1.4-AM-04-R priemonės „Vandens telkinių būklės gerinimas”  tikslus ir uždavinius.

   Daugiau informacijos apie 2007 – 2013 metų Europos Sąjungos struktūrinę paramą ir Europos Sąjungos teisės aktus galite rasti www.esparama.lt. 

Pagrindinis projekto tikslas – prisidėti prie Kupiškio rajono vandens telkinių ekologinės būklės gerinimo. 

Projektas buvo inicijuotas identifikavus šias problemas:

1) biogeninių medžiagų kaupimasis telkinio ekosistemoje (dumblas, nendrės, švendrai ir kt.);

2) ežeras yra paveiktas praeities taršos, t.y. atlikus cheminius tyrimus nustatyta, kad naftos produktų kiekis viršija leistinas normas. Tikėtina, kad tarša atsirado nuo garažų teritorijos bei miesto ir gyvenvietės gatvių atitekančios paviršinėmis lietaus nuotekomis;

3) ežero pakrantėse yra paplitę invaziniai augalai (Sosnovskio barštis). Šiuo metu vandens telkinys nėra geros ekologinės būklės. Telkinys uždumblėjęs, pažeisti krantai. Tai ribojo ežero teritorijos panaudojimą turizmui ir rekreacijai, kenkė natūralių ekosistemų egzistavimui.

Atliekant projekte numatytus darbus siekiama pašalinti biogenines medžiagas iš vandens telkinio ekosistemos, šalinti su šaknimis pakrančių makrofitus (nendres, švendrus ir kt.) bei cheminius pavojingus teršalus kartu su dumblu, taip pat šiukšles, buitines atliekas, ežero pakrantėse sunaikinti invazinį augalą (Sosnovskio barštį). Išvalius ežerą numatoma įžuvinti atitinkamos rūšies žuvimis, t.y. baltuoju amūru – makrofitams ir baltuoju plačiakakčiu amūru – fitoplanktonui naikinti, sidabrinius karosus bei plėšriąsias žuvis. Geresnė Varležerio ežero ekologinė būklė bus patrauklesnė Kupiškio miesto ir rajono gyventojams bei miesto svečiams.

Varležerio ežeras sudaro 0,84 ha ploto visos teritorijos. Numatyta išvalyti 0,54 ha ploto šiaurinę ežero pakrantę, apaugusią menkaverte augmenija. Pašalinus vandens augaliją, t.y. nendrynus ir kitus aukštųjų helofitų sąžalynus, bus galimybė Žilvičių kvartalo gyventojams grožėtis ežeru, ko šiuo metu padaryti nėra galimybių.

Likusią Varležerio ežero dalį sudaro pelkės teritorija. Botaniniais tyrimais nustatyta, kad tose vietose auga pelkėms būdingi augalai.

   Tirtoje ežero teritorijoje, pietinėje pakrantėje, rasta viena augalų rūšis, įrašyta į Lietuvos raudonąją knygą, kuri priskirta 5 (Rs) kategorijai (išsaugotos rūšys, kurių anksčiau įrašytų į Raudonąją knygą, gausumas jau atkurtas). Varležerio ežero valymo darbų metu ežerą supanti pelkės teritorija nebus liečiama. Tai sąlygoja pelkėms ir šaltinynams taikomos specialiosios žemės ir miško naudojimo sąlygos.

    Varležerio ežero valymo darbus atlieka UAB „Nodama“ pagal jungtinės veiklos sutartį su UAB „Hidrum”.

Darbus numatoma baigti 2013 m. birželio 28 d.