Per antrus metus organizuojamą Turistinio sezono atidarymo šventę buvo surengtas ir oficialus rekonstruoto Kupiškio etnografijos muziejaus atidarymas. Šioms iškilmėms šalia muziejaus pastato šeštadienio vidurdienį rinkosi ne tik kultūros srities darbuotojai, muziejaus lankytojai, bet ir Kupiškio rajono savivaldybės meras Jonas Jarutis, statybas vykdžiusios individualios įmonės vadovas (Savivaldybės tarybos narys) Povilas Gurklys, kiti su tuo susiję asmenys.

   2007 m. Kupiškio etnografijos muziejus buvo įtrauktas į kultūros objektų investicinį projektą. 2008 m. gruodžio mėn., atlikus galimybių studiją ir padarius techninį projektą, pastatas buvo pradėtas renovuoti, o renovacija truko trejus metus. Tuo džiaugėsi ir Kupiškio rajono savivaldybės meras J. Jarutis, priminęs, kad pirmieji bandymai renovuoti muziejų prasidėjo dar prieš dešimtmetį, tačiau tik paskutiniaisiais metais tai pavyko įgyvendinti.

   Vykdant Kupiškio rajono plėtros iki 2020 metų plano priemonę „Kupiškio etnografijos muziejaus ir jo filialų materialinės bazės gerinimas“ buvo pasinaudota „Lietuvos muziejų modernizavimo programa 2006-2015 m“ ir modernizuotas muziejaus pastatas.

   Padedamas renovaciją įgyvendinusios įmonės vadovo P. Gurklio, kartu su 11 metų Kupiškio etnografijos muziejui vadovaujančia direktore Violeta Alekniene, meras perkirpo simbolinę įkurtuvių juostelę.

   Tuomet patalpas pašventino Kupiškio Kristaus Žengimo į dangų parapijos klebonas Rimantas Gudelis, istorija apie muziejaus įkūrimą dalijosi Kupiškio etnografijos muziejaus specialistė Lucija Dobrickienė, 1987-2001 m. muziejaus direktorius Algimantas Jasaitis. Smagias melodijas dovanojo Kupiškio meno mokyklos muzikantai.

   Atnaujintose muziejaus patalpose atsivėrė nauja erdvė – ekspozicijų salė, kurioje jau dabar kupiškėnai ir miesto svečiai gali pasidžiaugti profesionaliosios tapybos ir skulptūros darbų paroda „Lietuvos dailininkų dovana muziejui“.

   Čia rinkosi šventės dalyviai ir tęsėsi sveikinimų kalbos, muziejaus darbuotojoms buvo dovanojamos dovanėlės ir gėlių žiedai, linkėjimus sėkmingai darbuotis lydėjo šypsenos: sveikinimo žodį tarė Savivaldybės Kultūros ir švietimo skyriaus vedėjas Rimantas Jocius, Kupiškio viešosios bibliotekos direktorė Daiva Bubulienė ir jos pavaduotoja Lina Matiukaitė, L. Stuokos-Gucevičiaus gimnazijos direktorius Virgilijus Žilinskas, Savivaldybės tarybos narys Leonas Apšega, režisierės Vilija Morkūnaitė ir Vita Vadoklytė, gausus būrys tautodailininkų.

   Apie muziejaus ekspozicijų rengimą kalbėjo prie rekonstrukcijos darbų prisidėjusi miesto architektė Euchrida Sipavičienė,  architektė Gražina Pajarskaitė.

   Įkurti muziejų Kupiškyje buvo ilgai brandinta čia gyvenusių inteligentų ir apsišvietusių ūkininkų svajonė. 1935 m. vasarą posėdžiavo iniciatyvinė grupė, pasivadinusi komitetu Liaudies namams statyti. Šiuose namuose turėjo būti salė operai ir baletui, kambariai rankdarbiams, knygynui, skaityklai, užkandinei, virtuvei, nakvynei, administracijai ir 3-4 salės muziejui. Tačiau dėl lėšų stygiaus šis sumanymas žlugo.

   Kupiškio muziejus – vienintelis muziejus Lietuvoje, įsteigtas Antrojo pasaulinio karo metais. 1941 m. rudenį gautos patalpos muziejui Turgaus aikštėje, o 1943 m. pavasarį buvo išrinkta muziejaus taryba. Muziejui visuomeniniais pagrindais vadovavo Povilas Spudas (1943-1944 m.), Albinas Kriauza (1944-1945 m.). Nuo 1945 m. rudens muziejui, jau pavadintam kraštotyros muziejumi, vadovavo Alfonsas Žalkauskas.

   1946 m. muziejaus veikla nutrūko, nes sovietinė valdžia atėmė patalpas ir pavertė jas grūdų sandėliu, eksponatai buvo išmesti į gatvę. Daug jų išgrobstyta. Tai, kas liko, sukrauta į sandėlį, kitus priglaudė Stefanija Glemžaitė. 500 eksponatų perduota Panevėžio kraštotyros muziejui. Kupiškėnų kultūrininkų pastangos atgauti patalpas baigėsi nesėkme.

   Iki 1957 m. buvusioje sinagogoje, trečiame aukšte, šalia bibliotekos, buvo 3 kambariai, kuriuose sukrautus likusius eksponatus saugojo valdžios skirtas darbuotojas. Svarbia paskata atkurti muziejų tapo 1961 m. Kupiškio vidurinėje mokykloje surengta seserų Stefanijos, Mikalinos ir Elvyros Glemžaičių etnografinė paroda. Ji sulaukė didelio pasisekimo, o LTSR Kultūros ministerija po parodos nupirko nemažai eksponatų, tapusių atkurto muziejaus rinkinių pagrindu.

   1962 m. pradžioje buvusiose sinagogos patalpose buvo įkurtas. Šiaulių „Aušros“ istorijos ir etnografijos muziejaus filialas. 1984 m. jis persikėlė į 1823 m. statytą Kupiškio parapinės mokyklos pastatą ir muziejaus reikmėms pastatytą priestatą.

   1989 m. balandžio mėn. 6 d. Kultūros ministerijos įsakymu pavadintas Kupiškio etnografijos muziejumi. Po poros mėnesių jame atidaryta pirmoji etnografinė ekspozicija, o po metų antroji – tautodailės. Nuo 1996 m. sausio mėn. 1 d. muziejus veikia kaip savarankiška įstaiga, pavaldi Kupiškio rajono savivaldybei.